明末清初，1646年明朝桂王朱由榔於肇慶稱帝，是為南明永曆帝。永曆二年（1648年），寧靖王朱術桂被指派為鄭成功的「監軍」，其功用實為鄭成功用來凝聚「反清力量」的明朝王室代表。而在鄭成功逝世（1662年）後，在臺灣發生鄭襲與鄭經的嗣位之爭，鄭經取得勝利後為延續明鄭的號召力，遂欲迎奉寧靖王來臺，並在返回金廈前要部屬黃安監造王府。永曆十七年（1663年）明鄭與清荷聯軍歷經金廈海戰之後，明鄭勢力撤往臺灣，包括寧靖王在內的明朝宗室也在這時被護送到臺灣。寧靖王來臺之後繼續擔任「監軍」一職，並住進了府邸，而由於寧靖王號「一元子」，府邸又稱為「一元子園亭」。府邸坐東朝西，面向明朝故土。永曆卅七年（1683年）在施琅所率領的清軍攻下澎湖後，寧靖王決心殉國並捨宅。
而寧靖王府邸在捨宅之後，根據首任諸羅縣知縣季麒光〈募修天妃宮疏〉一文所寫「東寧天妃宮者，經始于寧靖王之舍宅，而觀成于吳總戎之鳩工也。」與乾隆年間的臺灣府知府蔣元樞〈重修臺郡天后宮圖說〉中「查郡城西定坊之天后宮，未入版圖以前即已建造，郡垣廟宇，此為最久」等句，可知在施琅入臺之前寧靖王府邸已經被改成「東寧天妃宮」。
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