他任順天府通判攝宛平縣令時，遇到百姓與太監爭地之事。此前的縣令畏懼太監權勢，都不敢決斷此案。朱茂時上任後，「片言斷歸民，莫敢抗」，將土地還給了農民。他在工部員外郎督張秋河道任上，「自魚臺縣至天津衛凡一千六百餘里，挑濬堵禦，往來稽察，不辭勞瘁。」有一年大旱，朱茂時在龍神祠祈禱，與神像在烈日下對坐，從辰時坐到酉時，相當於從早上七點坐到晚上七點，足足坐了一天。最後至誠所感，大雨傾盆而下，「漕渠水盈五六尺」。

當時正值清兵入侵，朱茂時挑選壯健的河工為張秋縣修城，開挖城壕，置義田義倉、鍛造槍炮、練民為兵，以此法籌備三年。崇禎十一年（1638），清兵由臨清攻來，城中缺兵少糧，十分危急。朱茂時當機立斷，與通判李國瑞趁著大雪出戰，攻敵無備，殲敵眾多，孤城得以保全。不久，朱茂時因功升遷貴陽知府。其時，貴州剛平息水西土司安邦彥起兵（史稱「安酋」），其餘黨阿烏謎又煽動諸夷為亂，朱茂時奉命帥師進剿，斬首五十餘級，生擒阿烏謎，定番州十六土司難，受到朝廷嘉獎，加服俸。戰亂平定後，朱茂時撫輯流亡，獎掖提拔讀書人。他深感邊疆之地缺少文學之士，就「厚其廩給，月課而季試之。拔十數人，先後登科第。」其在任上，「剛明果決，摘伏如神，尤喜下士，凡經獎拔，卒成令器。」

明亡後，朱茂時在南湖畔的放鶴洲上修造園林，自號鶴洲居士，過起了悠閒的隱逸生活。朱彝尊《鴛鴦湖棹歌》第一首云：「蟹舍漁村兩岸平，菱花十里棹歌聲。儂家放鶴洲前水，夜半真如塔火明。」自注云：「宋朱希真避地嘉禾，放鶴洲其園亭遺址也。余伯貴陽守治別業於上，真如塔峙其西。」朱茂時如何經營放鶴洲，具體已不可考，但從朱彝尊的《靜志居詩話》中可知當時規模不小：「世父（指朱茂時）拓地百畝，自湖之田，有堂，有亭，有橋，有船，有岡，有榭，有庖，有湢。雜樹、花果、瓜疇、芋區、菜圃，糜所不具。」朱茂時還邀請一批文人學士來為放鶴洲作畫、賦詩題詠：陳懿典（1554-1638）作文記其事，董其昌（1555-1636）為其題寫匾額，李日華（1565-1635）繪畫，其他「後先觴詠者，題壁淋漓」。

盛楓《嘉禾徵獻錄》記載了朱茂時娶黃媛貞（黃媛介之姊）為妾的經過：「年十五六，同邑貴陽知府朱茂時過其門，聞讀史記，詢之旁人，則貞也。力求媒妁娶為妾。能詩詞，工書法。凡啟劄皆出其手。無子，以老壽終。」朱茂時歸里後四舉鄉飲大賓，壽至八十九。