浙江嘉興人，字廣霞，號元白，李芳從子。李光基、李光垣父。早負鴻才，名滿天下。萬 曆四十年（1612）舉人，以選貢領順天鄉，被推薦，於萬曆四十七年（1619）十月，出任如皋縣令。他性格外向，聰明，廉潔，辦事有毅力，治邑如治家。針對如皋的不良風氣，大力改革。端正民俗風尚，提倡發展農桑之本。

      過去，縣民為昂貴的嫁妝所苦，以至生了女兒，多不報戶口。他下令舉報有賞。對那些家境貧寒的戶，發給倉糧以撫養。才使全縣人口出生統計得以正常。當時的如皋人不懂紡織，多從江南採買布匹。他開始宣傳種植棉花，並製作紡織機等用具，置於城門口以供群眾學習，種植棉花的農民還可以減免課稅。還大量購買幾千棵的湖桑，發配給民眾，並教導大家種桑、養蠶、抽絲之方法。

      如皋地勢較高，介於通揚河與如泰河之間，形如倒扣的鍋子，運河之水過而不留。於是他在江邊打石壩，引江潮水灌溉。並組織民工在東北海邊，堵塞牙橋，使內河水位保持穩定，以利灌溉。在高沙土地區，下令開鑿池塘蓄水，大約一百畝為例，其中開一池塘，十畝見方。田屬於一家的，由一家負責。屬於幾家的，由幾家共同負擔。農閒時奮力開挖，深七尺。池塘周圍種植樹竹和其他雜糧，這樣，池塘可養魚，池水可灌田。而且農家洗滌，用水也很方便。

      為紀念岳飛、文天祥，如皋在定慧寺之西改建二忠祠，李知縣特地撰寫了《如皋縣改建二忠祠記》。五年任期屆滿後，經考核升任揚州運使，不久又被提拔為戶部郎中。李衷純離任如皋後，如皋人民建造了兩個生祠，一個在江邊石壩處，一個在海邊牙橋邊，把他當活菩薩供奉著。李衷純深沈有幹略，游於東林講學之門，魏大中死後，還協助經理喪事。著有《激楚齋集》。

      至民國，如皋花木盆藝術仍然盛於民間。清乾隆《如皋縣誌》記載：「明天啟間，令李衷純，相四境之宜，授民以藝，植卉木之方」。數百年來如皋花木盆景技藝相傳，形成獨具風格的「如派」盆景。