順治十五年（1658），參加鄭成功軍抗清活動。事敗，赴日本定居，講學於長崎、江戶（東京）等地二十二年。現今還存在於東京小石川的後樂園，其建造的過程，就參考了朱之瑜的建議，而後樂園之名，正是遠承宋代大儒范仲淹經世濟民的偉大懷抱而來：「先天下之憂而憂，後天下之樂而樂」，故名之為「後樂園」。
朱之瑜致力於儒家文化的傳播，門下弟子有安積澹泊、木下順庵等名儒。其間，日本儒學流派「省庵學」的開創人安東守約也深受朱之瑜的影響，在朱之瑜的指導下，安東守約成為日本一代巨儒，在思想上傳承了朱之瑜「講實效、重事功」的風格，其師弟情誼允稱中日交流史上一代佳話，也是明末實學在日本延續的證明。
朱之瑜重視教育與環境的影響作用，謂性由習而成，善與不肖之殊，由環境薰染及教育而致；上智下愚之差別，則全藉乎學問，並非與生俱來。主張實理實學，認為學者當「經邦弘化，康濟艱難」，應重實功、實用，尤強調史學，認為：「經簡而史明，經深而史實，經遠而史近。」梁啟超、馬一浮等名儒也為之表揚，朱之瑜之學及其心志乃大白於天下。私諡文恭先生。書法古厚遒勁，似顏魯公麻姑碑，日人至今尚寶其刻。其著作由其門人編為《朱舜水先生文集》、《朱舜水集》等。
改變了日本的想法、也改變了日本的食物
朱之瑜來到日本，是日本思想史的大事。同時，也是日本飲食文化的大事。現今日本的拉麵文化風行全球，到「拉麵」，幾乎都會讓人聯想到日本、職人、味道豐富等等印象。然而，日本拉麵的創始者，可以說就是朱舜水，他在當時使用了中國常見的薑蒜等五辛食材，增添了麵的風味層次，推薦給德川光圀(也就是電視劇上很有名的水戶黃門，是日本的長壽劇)，德川光圀非常喜歡這樣滋味，才由此漸漸傳播到日本的各個階層。至今，在日本的橫濱拉麵博物館，也繼續傳播著這個故事，日清食品公司也推出過五辛速食麵，上有德川家家徽，其實就是懷想這個歷史的故事。朱舜水，改變了日本的想法、也改變了日本的食物，從思想到飲食，改變了日本的飲食文化。
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日本拉麵 是朱之瑜所創
虛實成㘣滿，圓月橋的景色韻味。
朱舜水先生逝世紀念碑（終焉之地）
小石川後樂園
小石川後樂園
