陝西長安人，字仲好。生而純懿，長志濂洛之學，早年受業於許孚遠。萬曆十七年（1589）進士，改庶吉士，授山西道御史，歷官副都御史，巡視中城，閹人修剌謁，拒之。旋抗章言帝失德，帝大怒，欲廷杖之，閣臣力解得免。萬曆二十年（1592）被罷官歸里，杜門謝客，造詣益邃，家居二十五年。
曾在寶慶寺講學，創立關中書院，被譽為「關西夫子」。又與鄒元標共建首善書院，時人稱「南鄒北馮」。光宗立，起為尚寶卿，累遷工部尚書，致仕卒年七十二，諡恭定，學者稱少墟先生。有《元儒考略》、《馮子節要》、《馮少墟集》、《古文輯選》。
