江西吉水人，字爾瞻，號南皐。九歲通五經。弱冠從胡直遊，即有志於學。

      萬曆五年（1577）中進士，年二十三歲，入刑部觀察政務。與伍惟忠友好，為人敢言，勇於抨擊時弊，九月二十六日，首輔張居正父親病故，因張居正居喪不丁憂，元標三次上疏反對「奪情」，當場被廷杖八十，發配貴州，但元標處之怡然。至貴州後究心學，學以大進。

      萬曆十一年（1582），鄒元標才被召回朝廷吏科給事中，但又因多次上疏改革吏治，醫治民瘼。後以疏陳時政，勸神宗「無欲」，因而觸犯皇帝，被視為「訕君賣直」，再次遭到貶謫，降為南京吏部員外郎、南京兵部主事。

      從萬曆十八年（1590）至萬曆四十八年（1620），鄒元標整整三十年居家講學，建仁文書院，聚徒講學。 曾講學白鹿洞書院及嶽麓書院，未涉仕途。人稱鄒元標、顧憲成、趙南星「東林三君子」。

      天啟元年（1621）還朝，任吏部左侍郎。天啟二年(1622)與馮從吾在京師宣武門內建首善書院，退朝公餘，講學其中。 後為太監魏忠賢所忌，與東林書院同時被毀，因此求去。諡忠介。著有《願學集》。

      《明史》如是評論鄒元標之性格：「初，元標立朝，以方嚴見憚，晚節務為和易。或議其遜初仕時。元標笑曰：『大臣與言官異。風裁踔絕，言官事也。大臣非大利害，即當護持國體，可如少年悻動耶？』時朋黨方盛，元標心惡之，思矯其弊，故其所薦引不專一途。」

      天啟年間，張居正恤典之議再起，鄒元標並不反對，他說：「臣初疏云：『居正才雖可爲，學術則偏；志雖欲爲，自用太甚。諸所責備者，皆進賢、決囚、言路等事，非有他語。臣在省中，維時露章者，何止數百？忠憤者頗多，間有望風藏身之人臣疏云：『昔稱伊呂，今異類唾之矣；昔稱恩師，今仇敵視之矣！』當時臣無隻字發其隱，豈至今四十餘年，與朽骨爲仇乎？旌其昔勞，正是勸今日生者，後來者俱被殊典，而獨靳居正乎？」可見鄒元標就事論事，不望風盲從的性格。