字爾鑑，號凈名居士。福建莆田人。堂號"极帷館"。萬曆三十八年(1610)進士。授行人，遷禮部祠祭主事。
天啟元年四月壬申（1621年5月21日）發生日蝕，陳玄藻藉機上疏「陽掩於隂，受宮刑的人，豈能幹預國事？」魏忠賢憤恨不已，欲置之死地，幸得葉向高所救。出爲江西按察司副使，在寧遠危急時檄書南糧接濟，陞任廣東雷瓊廉參議，轉參政、貴州布政使，因為父親年老請求退休。
隆武帝即位，擢任陳玄藻為禮部右侍郎，調官工部左侍郎；福京失陷，他在梅峰隱居，至九十四歲才去世，子陳憲綰在興化失陷時被殺。
