安徽桐城人，原名玄成，避聖祖諱改名元成，字孝標，號樓岡，以字行。順治六年（1649）進士，改庶吉士，授編修，歷官侍讀學士。方孝標的一生跌宕曲折，他曾經貴為經筵講官，也曾獲罪流放東北蠻荒之地；他生前因順治十四年（1657）丁酉科場案被流放，死後更因牽連進戴名世（1653-1713）《南山案》文字獄案，慘遭剉棺鞭屍，禍及子孫。有清一代，方孝標的著作均遭禁燬，直至近世才有僅存數本劫後的詩文集整理點校出版，這些詩文得以重見天日，實屬難得。
順治十二年（1655），方孝標舉經筵講官，順治帝與他相當親近，總是直呼他「樓岡」。然而二年後，丁酉（1657）江南科場案改變了方孝標的一生。順治十四年十一月二十四日，給事中陰應節參劾該年的江南會試主考官方猷等人舞弊，進士中著名的方章鉞，為時任少詹事的方拱乾之第五子，方孝標、方亨咸、方膏茂之弟。陰應節指方章鉞與主考官方猷因同宗而有弊，請皇上嚴訊。順治帝隨即下令將主考官方猷、錢開宗等人革職，並將方章鉞差解至京，嚴刑審問。方章鉞之父拱乾回奏稟報自己與主考官同姓但絶非同宗，有齒錄為證，方章鉞不需迴避會試，也沒有舞弊的嫌疑。可惜方拱乾無力回天，順治十五年（1658），江南士人們浩浩蕩蕩地北上京師，因為皇帝要重新面試江南舉人，而獲罪的主考官方猷論斬、錢開宗絞殺，方章鉞等一群江南文士被責四十大板，家產充公，父母兄弟妻子全被流放至黑龍江寧古塔。
此次科場案對桐城方家實為重大的打擊。方孝標時年四十，辛苦累積的功名一夕之間付諸流水。在他被流放的二年之間，順治帝仍然常常念及他，感嘆他是「人才」。方孝標流放後，長子方嘉貞為父上書伸冤，並捐貲修建京師的阜城門以贖父祖，過了一千個日子才完工。順治十八年（1661），方氏祖孫獲釋得歸。康熙元年（1662），方孝標回到江南，然而他這時已不是朝中高官，只是一個平民百姓，修築城門的工程欠下巨款未還，方孝標背負著龐大的債務，他苦惱不已。為了償還工程巨款，他首先向江淮地區的親朋好友借貸，也深刻感受到人情冷暖。能借到錢的親友，他已經都借遍了；而不肯借錢的親友，有的視方孝標為陌生人，甚至避之唯恐不及，方孝標的父親方拱乾於是催逼他到外地求貸。方孝標出行的意願實在不高，不斷改期、推託。康熙四年（1665） 夏天，病中的方拱乾再次催促，方孝標才啟程南下福建乞貸。一年後，方拱乾辭世，方孝標急返家奔喪，原本不願意再出行，無奈母親苦苦相求，他才再次南下福建。
康熙五年（1666），方孝標南遊閩越，以詩文結交藩府大吏，康熙七年 (1668) 返家。康熙九年（1670）西遊滇、黔，有詩文呈給吳三桂 （1612-1678），主旨仍在求貸，兩年後返回南京。從康熙元年至十年，方孝標四處乞貸，為了贖身的款項痛苦掙扎。方孝標的努力沒有白費，經過十年求貸，他還清了這些欠款。
康熙三十五年（1696），方孝標在南京家中過世，他顛沛流離的一生，至此合該得到安息。然而，方孝標出遊滇、黔時的著作《滇黔紀行》及《滇黔紀聞》二文，在康熙五十年（1711）時捲入了戴名世（1653-1713）《南山集》文字獄案。此案原因戴氏而起，卻為方家帶來大禍，後人記錄此案，有時甚至更名為「桐城方戴兩家書案」。
《南山集》案，簡略地說是戴名世在《南山集》中引用了方孝標游滇、黔之著作，文中寫了南明三王：弘光、隆武、永曆之年號，被視為大逆不道。戴名世被處斬，方孝標被開棺鞭屍，方家子孫十六歲以上皆處斬、婦女及十五歲以下子孫為奴。最終，方孝標之子女家人被流放至黑龍江，孝標之子方登嶧及其孫方式濟都長眠於塞北。康熙帝審議此案時曾這樣說道：「方孝標曾歸順逆賊吳三桂，身受偽職，在吳三桂兵敗後又投誠清朝，念在他曾為順治朝官而免其罪，他卻仍有悖逆之心，寫這樣大逆不道的文字！」戴名世的《南山集》案誘導並呈現了康熙帝對方孝標的厭惡。近幾年來，方孝標《鈍齋文選》被發現，文中並無忤逆之語，研究此案之學者已據其內容翻案。而方孝標是否曾擔任吳三桂的幕僚？據研究者所言，吳三桂舉兵（三藩之亂）在康熙十二年（1673），而方孝標游滇、黔在康熙九年（1670），至遲在康熙十年（1671）已返回南京。方孝標雖有干謁吳三桂的詩作，吳三桂或許也有意要延請方孝標為幕僚，但目前並沒有直接證據證明方孝標曾任吳三桂的「大吏」。方家一案最後審成了「干連大逆」之罪，研究者認為，這是康熙帝一誤再誤而朝臣們皆未能分曉所造成的。《南山集》中記載一位安徵人方光琛曾任吳三桂偽朝的宰相，其子侄九人皆受偽職，最著名的為方學詩及方學禮。吳三桂兵敗後，方家人皆伏法，只有方學詩在逃。由於滿文中「士」和「詩」同一字，又音近，康熙帝以為「方學詩」即「方學士」，並將方光琛誤以為方孝標之族人，於是在《清實錄》中才會記載康熙說：「此案內姓方的人，都是惡亂之輩！」史載刑部及康熙後來其實發現了這個錯誤，但是皇上一言既出，駟馬難追，只好依照前言一一定罪。直至雍正帝即位，他詔見方苞（1668-1749）時說：「你好好聽朕說，你以前獲罪，其中是有隱情的……。」（方苞曾為《南山集》作序）雍正帝或許已查覺了此案之誤判，但在雍正登基大赦天下時，為了維護皇家的威嚴，雍正仍維持此案件主體部分的判決，僅下詔釋放被牽連的族人，而非方家嫡派子孫。綜觀方孝標生前死後的遭遇，可概見清代文字獄之一隅。方氏一家在慘遭流放期間，還堅持撰著不輟，為後世留下可貴的資料，實在值得欽佩。
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