俗名林曾昺，號隱元，法諱隆琦。福建福清東林人。出生於萬曆二十年（1592）十一月四日。二十一歲時為尋父而至南海普陀山朝拜觀音，曾在潮音洞擔任茶頭一職。以此為契機，萌生出家之志。二十八歲，母歿，登黃檗山萬福寺，就鑑源興壽（？ -1625）披剃出家。三十八歲向金粟山廣慧寺密雲圓悟（1566-1642）請益參學。後歸返寺院，嗣法於費隱通容（1593-1661），為臨濟宗三十二代傳人。黃檗禪宗由唐代希運和尚(776-856)所創。黃檗山位於福建省福清縣西，山上盛產黃檗木，希運和尚自幼在此出家，得道後在洪州大安寺開宗立派，因對幼年印象中的黃檗山念念不忘，遂以黃檗為名創立宗派。黃檗道場盛於宋，廢於元，直到明末，才在隱元的努力下振興。
自崇禎十年（1637）始，迄至南明永曆八年（1654）止，禪師兩度董席黃檗山萬福寺，寺境煥然一新、僧眾雲集，聲譽日盛。順治十一年（1654），六十三歲的隱元應長崎唐僧逸然性融（1601-1668）之邀，隱元率領門徒慧林、大眉、獨湛、獨吼、南源、惟一等三十餘人，東渡日本，先後住錫於長崎興福寺、崇福寺與攝州（今大阪）普門寺。德川幕府四代將軍德川家綱更賜地十萬坪給隱元，天皇的母親中和門院也皈依黃檗宗。寬文元年（1661），於京都宇治太和山創建萬福寺，成立黃檗宗，即以萬福寺為大本山，與臨濟、曹洞並立，成為日本禪宗三大宗派之一。萬福寺的建築多才用明朝樣式，殿堂的裝飾與堂內的雕像，都沿襲明代精湛的木雕藝術。此後開枝散葉，在日本各地有五百餘寺，傳衍至今。黃檗又分出木庵性瑫的紫雲派、即非如一的廣壽派、慧林性機的龍興派、獨湛性瑩的獅子林派。
寬文三年（1663） ，七十二歲的隱元退位， 讓席弟子木庵性瑫（1611-1684），此後退居松隱堂。寬文十三（1673）四月初二日，後水尾天皇特賜「大光普照國師」，贊曰「師者，國之寶也。」三日後隱元師辭世，世壽八十二歲。其嗣法者二十三人，之中七人隨隱元東渡日本，三人為日籍僧人。禪師博學多藝，生前除致力於宗內學問外，尤精於詩文、書畫與茶道， 曾將晚明煎茶文化傳入日本，形成特有的煎茶道，被日人奉為煎茶道的祖師。以後水尾太上天皇為首的貴族、幕府人士，以及各地商人相繼皈依隱元隆琦，更發展出包含書法、茶道、建築、飲食、文學、雕塑多元面向的黃檗文化。
傳世著作宏富，除有留下語錄、詩文集外，日人平久保章編《隱元全集》。隱元禪師與弟子木庵、即非，號稱「隱木即」，開創黃檗宗濃墨厚實的書風，識者往往稱之為「萬里一條鐵」。隱元的著作《黃檗清規》，成為日本禪宗清規改革修正的參考依據，給長期處於鎖國政策下，力圖擺脫形式化束縛的日本佛教，帶來新的活力。
2022年是隱元禪師示寂三百五十周年，令和天皇加謚隱元「嚴統大師」。隱元師示寂後每隔五十年，日本天皇在其忌日追賜尊號，至今已有七次。
將張瑞圖書法介紹到日本
隱元在福建時即與張瑞圖、黃道周有深厚交誼。〈次韻張二水相國〉詩，「既曰勞生於此世，丈夫豈可自偷安。滄江水濁魚龍瀾，獨坐石磯把釣竿。」張瑞圖之子張潛夫與隱元、木庵、悅山亦多往來。黃檗僧人陸續到了日本，都曾經攜帶張瑞圖書法作為禮物，張瑞圖書名因此遠播東瀛。隱元六十壽誕，張潛夫作〈詠羅漢松為隱元禪宗壽意詩〉。由於世交之誼，京都萬福寺西方丈隱元居住處正門，刻有張瑞圖「指撝如意天花落，坐臥禪房春草深」聯。民間相傳張瑞圖是水星轉世，其書作可怯除祝融之災，日人愛其字，或許與此寓意有關。
隱元對黃道周更是心懷敬意，道周殉節時，隱元聞訊悲憤賦詩〈懷石齋先生〉、〈次石齋先生殉難節韵〉。隱元渡日時，隨身攜帶黃道周著述研讀。
隱元與日本煎茶道
隱元禪師早年曾在普陀山觀音道場當「茶頭」執事，每日在佛前殿后為僧眾提供茶水，深諳茶道。日本「煎茶道」是由隱元禪師傳播到京都，帶來日本飲茶觀念的革新：在隱元東渡前，日本社會嚴格奉行「抹茶道」，在等級森嚴的社會，只有皇室與貴族才能享用「抹茶道」，中層階級及平民無緣接觸抹茶道；隱元禪師傳入的明代飲茶「壺泡法」，在日本稱為「煎茶道」，方法很簡單，就是把茶葉放入茶壺，注入熱湯浸泡後倒出來飲用，沒有等級之分，士農工商都可以泡茶喝，因此很快流行起來，「煎茶道」自此與「抹茶道」分庭抗禮，成為日本的兩大茶道。京都宇治是「煎茶道」發祥地，每年舉辦一次煎茶大會，而全國「煎茶道」聯盟總部也設在京都宇治萬福寺內。
日本「普茶料理」
日本四大料理之一的「普茶料理」是隱元禪師當年從福清傳到日本的飲食文化。「普茶料理」最初是一種淨素的日本寺廟料理，使用的食材包括筍、蘑菇、海帶、山藥等，並由專門修行的寺廟師傅烹飪。「普茶料理」就是與茶同時上桌的一般料理，佛事完畢之後，眾僧侶聚在一起，邊品茶，邊吃料理，就是普茶料理的原型。此外，日本家喻戶曉的「隱元豆」，也是由隱元禪師由中國傳入。
草書五言詩
何創時基金會藏隱元禪師《草書五言詩》書帖，寫道：「趙老眼瞇嘛，逢人咲(笑)吃茶。聊斟三五盞，舌上放蓮花。香滿清涼室，功成老作家。知恩能報答，同用福天涯。」講的是禪門「趙州茶」公案，唐代趙州從諗禪師不管來者何人，都叫人「吃茶去」，以表示禪門的平等、平常心，與一般日常生活無異。
茶詩兩首
隱元禪師詩《暮春》寫道：「霜顱雪茂老詼諧，竟日松門兩扇開。自得胸中無俗物，卻領格外有賢才。鳥啼花落春歸去，茶熟香清客到來。對坐罄譚微笑旨，儼然一會在蓬萊。」白髮蒼蒼的隱元禪師長老，迎接客人的到來，鳥啼花落、茶熟香清，兩人對坐品茗，清談「拈花微笑」的禪意，好像置身仙境一般。另首詩《偶成》寫道：「日常靜悄悄，兀坐露堂堂。一棒豎宗眼，杯茶醒夢狂。」日常安靜無聲，禪師在佛堂大殿端正靜坐；臨濟宗以「棒喝」之法令人開悟，而一杯茶也足以令顛倒夢想者清醒過來。在禪門中，「飲茶」(趙州茶)也是開悟之法。
日本天皇七次賜予封號
寬文13年（1673）後水尾法皇封「大光普照國師」。
享保7年（1722）靈元法皇 封「佛慈廣鑑國師」。
明和9年（1772）後桃園天皇 封「徑山首出國師」。
文政5年（1822）仁孝天皇 封「覺性圓明國師」。
大正6年（1917）大正天皇封 「真空大師」。
昭和47年（1972）昭和天皇封「華光大師」。
令和4年（2022） 德仁天皇封 「嚴統大師」。
由於隱元禪師的影響，日本心經誦念聲韻乃參照明代官話發音，迄今亦是如此
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