莊憲祖，河北滄州人，號栩庵。崇禎三年（1630）舉人，崇禎十年（1637）進士。清初復職禮部郎中，順治二年（1645）改任吏科給事中，他上奏請求朝廷「凡事當令滿漢官公同議之，具疏入告內院擬旨，取自上裁」，意思是說朝廷諸事當由滿漢官員一起商議，之後寫成疏文上呈給皇帝裁決，而非只由官員和皇帝面議口述。莊憲祖還請求順治帝：「尤祈以仁厚開國，於一切詔諭德音悉敷之，以久大寬平以為收拾人心，招徠天下之本」，他的建議都獲得順治帝同意。

官至戶科右給事中，因上疏言事被革職為民

      順治三年（1647）起用為戶科給事中，陞戶科右給事中。順治三年是清朝第一次開科取士，吏部右侍郎金之俊等人上疏表示：「故明舊例，進士四百名，二甲選部屬、知州，三甲選評、博、中、行、推官、知縣。不論名次，每逢內外兼用，政體人情，均屬未協」，建議按照一甲、二甲、三甲的名次讓新科進士全部授職。同年四月初，莊憲祖上疏反對此議。他說道：「臺省缺員，應用部屬，與有薦推知一體考選，新進士除考庶常外，止宜挨序授職，以待取考。」疏入，順治帝不允。吏科都給事中向玉軒也上疏認為新進士歷事尚淺，不便特授科道，請將部屬改授。順治帝認為向玉軒所奏乃附會莊憲祖之議，兩人有結黨把持之嫌，將兩人俱革職查辦。四月中時，刑部審議認為莊憲祖聽信刑部主事程淓私囑，主謀為左僉都御史趙開心；向玉軒聽信工部主事王三元私囑，四人皆被革職責懲，莊憲祖後來免責，被革職為民。順治九年時，吏部原議再度起用莊憲祖，但最終沒有復官。 

工書善文，醉後即書，藏其書者以為至寶

      《東光縣志》記載，莊憲祖好直言，不避權貴，工書善文，然好食犬肉，求書者必攜犬肉與酒食，飮之醉後即書，人乘其醉攫藏之，醒則不能得也。至今藏其書者，以為至寶。著有《栩庵先生遺稿》。