字道甫，號修吾，祖籍陝西臨潼縣任村裡（今陝西省西安市閻良區關山鎮坡李村），僑居順天府通州張家灣（今北京市通州區張家灣鎮） 

萬曆二年（1574）進士，授職戶部主事。萬曆十一年（1583），升任戶部郎中。後來魏允貞因為議論朝廷、違背輔臣意思而遭到皇帝責備時，李三才抗旨為他申辯，結果被貶為東昌推官。歷任南京禮部郎中、山東僉事、河南參議、南京通政參議、大理少卿等職。萬曆二十七年（1599年），以右僉都御史總管漕運，巡撫鳳陽各府，期間數次上疏陳明礦稅之害，並裁抑礦稅使。以治理淮河有功，加官至戶部尚書。萬曆三十八年（1610），有朝臣想要引李三才入內閣，由此誹謗他的言論四起。東林黨人極力為其辯護，從而形成黨爭。萬曆三十九年（1611），引退回家。萬曆四十三年（1615），遭御史彈劾，被貶為平民。天啟元年（1621），朝廷因缺少人經略遼東，想要起用他，但因朝臣爭論不休而擱置。

天啟三年（1623），被起用為南京戶部尚書，未及上任即去世。享年七十一歲。