原名曙，字扶桑。江南常熟（今江蘇張家港市鳳凰鎮恬莊）人。
祖父孫森（蘭畹），官至高州府同知。伯父孫朝肅（恭甫），明萬曆四十四年（1616）進士。孫承恩生於萬曆四十七年（1619），清順治十一年（1654年），以太學生資格參加順天府應試，居首薦。其弟孫暘因罪發配邊疆，順治十五年（1658）孫承恩考中狀元，帝見其籍貫常熟，疑與孫暘一家，派遣學士王熙至承恩寓面詢。
王熙與孫承恩原有交情，承恩坦承不諱，王熙說：「升天沈淵，決於一語，今當以何奏？」承恩良久慨然曰：「禍福命也，不可以欺君賣弟！」王熙既上馬，又回頭問：「得毋悔乎？」承恩曰：「雖死無悔。」於是學士回宮稟告。順治帝對孫承恩非常嘉賞。授職翰林院修撰，掌修國史。
順治十六年（1659年）初夏，隨順治帝至南海子，賜騎御名馬，結果馬怕生疾馳，承恩受驚受寒，又誤投醫藥，不數日而卒。葬於河陽山麓。
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