河南開封人。字灌甫，號西亭、東陂居士。周藩定王朱橚（1361-1425）六世孫。父為奉國將軍朱安河。萬曆五年（1577）舉為周藩宗正。生而端穎，李夢陽一見即奇之。十歲時，偏謁名儒，受經學。甫弱冠，六經皆通大義，益購秦漢以來諸家經解，日夜讀之。精於《易》、《春秋》，博通古今故實，以及經世之務。十五歲時獲封鎮國中尉，廣交天下名士，遍訪河洛宿儒，益好經學。與時賢名儒如王世貞、張佳胤、徐中行等多有交遊。 二十歲時講業於水竹居之西，因此被學者稱為「西亭先生」。

      何喬遠《名山藏》載：鎮國中尉朱睦㮮因通曉經典而被推舉為周府宗正，新會王朱睦樒嫉妒他，散布謠言說他是通過獻女而謀得這一官職，為此編造艷曲，讓府中歌唱來羞辱朱睦㮮。 萬曆十一年（1583），河南巡撫褚鈇建議變通宗室俸祿制度，朱睦樒製作數十份匿名帖，內有「齊（齊泰）、黃（黃子澄）複出」等語，煽動周王府諸宗室鬧事，聚集千餘人於周王府門盟誓，彈劾朱睦㮮為其幕後主使，朱睦采等宗室還群毆朱睦㮮。神宗震怒，予以徹查。在朱睦樒種種劣跡被查明后，於翌年二月以「兇險貪暴，挾眾抗旨」的罪名被廢為庶人，發配鳳陽高牆。

明宗室藏書第一人

      錢謙益嘗論明代「海內藏書之富，莫先于諸藩，今秦、晉、蜀、趙，熸矣！周藩之竹居(朱睦㮮)，寧藩之鬱儀（朱謀㙔），家藏與天府埒。」朱睦㮮喜收藏圖書，時常不遠千里，前往江浙等地，四處捜訪書籍。後又傾其家財，購得江都葛氏、章丘李氏家藏舊本萬卷，於宅西建藏書堂五楹，題名「萬卷堂」，相傳内有三萬餘卷書，錢謙益《列朝詩集小傳》云其四十年之力，倣唐人四部法，用各色牙籤識別，凡一萬二千五百六十卷，日誦讀其中，至老不倦。關於萬卷堂藏書，睦㮮子勤美撰有《西亭中尉萬卷堂書目》。

      睦㮮在諸王中藏書最富，曹溶《靜惕堂集》稱「有明宗室，灌甫宗正為之最」。胡應麟《詩藪》中云：「明宗室攻古詞者，嘉隆間惟灌甫最博洽，饒著述。」著有《中州人物志》、《五經稽疑》、《大明帝系世表》、《遜國褒忠紀》、《陂上集》、《韻譜》等，又修纂《河南通志》，已知有近三十種。 

藏書毀於戰亂

      萬卷堂藏書後毀於明末亂世，崇禎十五年(1642)二月，李自成部攻開封，城雖半圮而不能下，明守將議決朱家寨口黃河水淹李部。而其時李部亦議決馬家口黃河灌城。九月大雨，朱家寨、馬家口二處并決口，城中數萬戶皆沒，萬卷堂藏書遂毀。周亮工《汴上謠》稱「河決後，民多有以書紙蔽體，詩云『雲綃霧縠，經衣史服』」。葉昌熾《藏書紀事詩》卷二因此有詩，「一線驚濤逼麗譙，西亭萬卷嘆飄搖。經衣史服何從見，櫟下生歌汴上謠」。